1.企业规模影响审核基础费用：员工数量是决定费用的关键因素。一般 50 人以下的小型企业，认证初审基础费用约 4000-6000 元。因审核人日数少，文件核查、现场审核工作量相对小。像呼和浩特从事简单零售的小型企业，业务流程单一，涉及环境因素少，费用处于该区间低位。而 50-250 人的中型企业，费用在 6000-10000 元。如包头中等规模机械加工厂，生产环节多，环境因素复杂，审核需投入更多时间精力，费用随之增加。250 人以上大型企业，费用超 10000 元，甚至达数万元。像鄂尔多斯大型能源企业，员工众多，生产规模庞大，审核范围广，费用更高。
2. 行业特性导致费用浮动：高环境风险行业，如乌海化工企业、赤峰矿业企业，由于生产过程涉及大量污染物排放、危险品处理等复杂环境问题，认证机构会增加审核人日数，费用较普通行业上浮 30%-50%。而低环境风险的服务业，如通辽广告设计公司，环境管理相对简单，费用处于较低水平。
3. 认证机构选择带来价格差异：知名认证机构，如 SGS、TÜV 等国际权威机构，因品牌影响力、审核专业性及服务质量高，收费比国内普通认证机构高 50%-。但国内认证机构，如内蒙古本地有资质的认证公司，了解本地政策法规、企业实际情况，费用相对亲民，还能节省交通等成本，企业选择时需权衡。
4. 额外费用支出：若企业需咨询公司协助建立环境管理体系，咨询费几千元到数万元不等，取决于咨询公司专业水平、服务内容及企业管理基础。审核期间，认证机构若需异地审核，企业要承担审核员差旅费，包括交通、住宿、餐饮等，偏远地区企业此项费用可能较高。此外，企业为满足认证标准，对环保设施升级改造、购置监测设备等费用，因企业实际情况差异大 。
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